A békés politikai átmenet feltételeit kidolgozó nemzeti kerekasztal-tárgyalásokon az Ellenzéki Kerekasztal, az állampárt, a Magyar Szocialista Munkáspárt (MSZMP) és a társadalmi szervezetekből és mozgalmakból álló ún. harmadik oldal képviselői szeptemberre megegyeztek hat úgynevezett sarkalatos törvényjavaslat (az alkotmány módosításáról, az alkotmánybíróságról, a pártok működéséről és gazdálkodásáról, az országgyűlési képviselők választásáról, a Büntető Törvénykönyv módosításáról és a büntető eljárási törvény módosításáról) parlament elé terjesztéséről.

A még nyitva maradt kérdések rendezését szakértői bizottságok elé utalták, ezek közül a legfontosabb a köztársasági elnök megválasztásának módja és ideje volt.

Az MSZMP ragaszkodott ahhoz, hogy erre népszavazással és még a következő parlamenti választások előtt kerüljön sor, remélve, hogy a tisztségbe a párt reformszárnyának népszerű képviselője, Pozsgay Imre kerül.

A megállapodást a szeptember 18-i záróülésen az Ellenzéki Kerekasztal szervezetei közül csak öt írta alá fenntartások nélkül, a Magyarországi Szociáldemokrata Párt (MSZDP) a köztársasági intézményre vonatkozó záradékkal látta el, míg az Szabad Demokraták Szövetsége (SZDSZ) és a Fidesz nem írta alá, de nem is vétózta meg.

A Szabad Demokraták Szövetsége szerint az MSZMP vezetése minden érdemi engedmény elől elzárkózott, ezért szeptember 24-én bejelentették: aláírásgyűjtésbe kezdenek annak érdekében, hogy népszavazás döntsön a vitatott kérdésekről:

1. Csak a szabad országgyűlési választások után kerüljön-e sor a köztársasági elnök megválasztására?
2. Kivonuljanak-e a pártszervezetek a munkahelyekről?
3. Elszámoljon-e az MSZMP a tulajdonában vagy kezelésében lévő vagyonról?
4. Feloszlassák-e a Munkásőrséget?

Az aláírások rendkívül gyorsan gyűltek, és október 17-én 140 ezer aláírást tartalmazó ívet nyújtottak be, ezek hitelesítése után az Országgyűlés október 31-i ülésén november 26-ra írta ki a referendumot, de az első kérdésből kivették a szabad szót. A még a régi összetételű Országgyűlés október közepén a nemzeti kerekasztal tárgyalásokon született megállapodásnak megfelelően létrehozta a köztársasági elnöki intézményt, majd október 31-én az első, közvetlen elnökválasztást 1990. január 7-re tűzte ki, azzal a kikötéssel, hogy ha a népszavazáson az igenek kerülnek többségbe, az államfőt az új parlament választja meg.

Október 23-án a Magyar Köztársaság kikiáltásával a kollektív államfői testület megszűnt, az ideiglenes köztársasági elnök az Országgyűlés elnöke, Szűrös Mátyás lett.

A népszavazás előtt az MSZMP megszűntével október elején létrejött Magyar Szocialista Párt (MSZP) ragaszkodott korábbi álláspontjához az elnökválasztással kapcsolatban, de közölte: a többi kérdésben a törvényes előírásokhoz tartja magát. Az SZDSZ, a Fidesz, a Független Kisgazdapárt és az MSZDP is a négy igen mellett kampányolt. A háttérbe húzódó Magyar Demokrata Fórum (MDF), amely egyik oldalt sem akarta választani, november 14-én a népszavazás bojkottálására hívott fel azzal az indoklással, hogy a legfontosabb kérdések nincsenek a szavazólapon, a négy kérdés közül hármat pedig már rendezett a törvényhozás – ezzel egyetlen ellenzéki szervezet sem maradt, amely az első, legfontosabb kérdésben a nem mellett állt volna ki.

Az első magyarországi országos népszavazást 1989. november 26-án rendezték meg – a referendumokon eddigi legmagasabb – 58,03 százalékos részvétel mellett, a 7 824 775 választásra jogosult állampolgár közül 4 541 077 adta le a voksát.

A népszavazás valamennyi kérdésben érvényes és eredményes volt, és valamennyi kérdésben az igenek győztek. Az utolsó három kérdésben az igen szavazatok aránya 95 százalék körül mozgott, így a második és negyedik kérdésben született eredmény megerősítette az október végén elfogadott 1989. évi XXXIII. és XXX. számú törvényeket. A harmadik kérdésre érkezett válaszok nyomán az Országgyűlés felkérte az Állami Számvevőszéket, hogy részleteiben vizsgálja meg az MSZP-nek (mint az MSZMP jogutódjának) a bejegyzési kérelmével egyidejűleg a bírósághoz benyújtott vagyonmérlegét, és erről tájékoztassa az Országgyűlést.

Az első kérdésben viszont rendkívül szoros eredmény született, 50,07 százalék szavazott igennel és 49,93 százalék nemmel, a különbség mindössze 6101 szavazat volt.

Az Országgyűlés ennek megfelelően visszavonta korábbi döntését a köztársasági elnökválasztás kitűzéséről és a választási eljárás kérdéseiről. A köztársasági elnök megválasztására csak az 1990. március 25-én és április 8-án megtartott első szabad parlamenti választások után került sor, ezt az MDF és az SZDSZ április 29-i megállapodása ismét az Országgyűlés jogosítványává tette. A posztra a képviselők 1990. augusztus 3-án az SZDSZ által jelölt Göncz Árpádot, az SZDSZ Országos Tanácsának tagját, a Magyar Írószövetség elnökét választották meg.