Az együttműködési csoportok célja a határon átnyúló transznacionális-, illetve a régiók közti együttműködések előmozdítása. A pályázatokat elektronikus úton, a Wekerle Sándor Alapkezelőnél működtetett rendszeren keresztül lehet benyújtani. Az alapkezelő a közigazgatási és igazságügyi miniszternek terjeszti fel döntésre a pályázatokat.